PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine

Teema esitlus: "PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine"— Esitluse väljavõte:

1 PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine
PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine Helle Uibokand

2 Üha enam sekveneeritakse bakterite täisgenoome
Üksikutele geenidele PCR praimerite ennustamiseks leidub palju programme Töö eesmärk: automatiseerida praimerite leidmine kõikidele genoomis asuvatele geenidele

3 Bakterigenoomide sekveneerimine
230 täielikult sekveneeritud mikroobigenoomi 21 arhe genoomi 209 bakteri genoomi

4 Bakterigenoomide omadused
genoomi suurus geenide arv G+C sisaldus kordusjärjestused

5 Genoomi suurus

6 G+C sisaldus

7 Kordusjärjestused

8 Praktiline töö Automatiseerida bakterite geenide PCR praimerite disain
Leitud praimereid saab kasutada geenide amplifitseerimiseks, kloneerimiseks ja/või hübridisatsiooniproovide tegemiseks

9 Praktiline töö hõimkond arv Aquificae 1 Fusobacteria Nanoarchaeota
Planctomycetes Thermotogae Deinococcus-thermus 2 Bacteroidetes 3 Crenarchaeota 4 Spirochaetes (spiroheedid, keeritsbakterilised) 7 Chlamydiae 8 Cyanobacteria (tsüanobakterid) 9 Actinobacteria (aktinomütseedid, kiirikulised) 11 Euryarchaeota (eurüarhed) 13 Firmicutes 38 Proteobacteria (purpurbakterid) 62

10

11 Tulemused

12 Tulemused 162 genoomi 478443 geenile õnnestus ennustada praimerid
Enamus amplikone sisaldasid ühte geeni, kahte geeni sisaldavaid amplikone oli 374 ja kolme geeni sisaldavaid 3 Keskmine geeniväline ala ampikonis oli 78,5 bp