PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine Helle Uibokand

Üha enam sekveneeritakse bakterite täisgenoome Üksikutele geenidele PCR praimerite ennustamiseks leidub palju programme Töö eesmärk: automatiseerida praimerite leidmine kõikidele genoomis asuvatele geenidele

Bakterigenoomide sekveneerimine 230 täielikult sekveneeritud mikroobigenoomi 21 arhe genoomi 209 bakteri genoomi

Bakterigenoomide omadused genoomi suurus geenide arv G+C sisaldus kordusjärjestused

Genoomi suurus

G+C sisaldus

Kordusjärjestused

Praktiline töö Automatiseerida bakterite geenide PCR praimerite disain Leitud praimereid saab kasutada geenide amplifitseerimiseks, kloneerimiseks ja/või hübridisatsiooniproovide tegemiseks

Praktiline töö hõimkond arv Aquificae 1 Fusobacteria Nanoarchaeota Planctomycetes Thermotogae Deinococcus-thermus 2 Bacteroidetes 3 Crenarchaeota 4 Spirochaetes (spiroheedid, keeritsbakterilised) 7 Chlamydiae 8 Cyanobacteria (tsüanobakterid) 9 Actinobacteria (aktinomütseedid, kiirikulised) 11 Euryarchaeota (eurüarhed) 13 Firmicutes 38 Proteobacteria (purpurbakterid) 62

Tulemused

Tulemused 162 genoomi 478443 geenile õnnestus ennustada praimerid Enamus amplikone sisaldasid ühte geeni, kahte geeni sisaldavaid amplikone oli 374 ja kolme geeni sisaldavaid 3 Keskmine geeniväline ala ampikonis oli 78,5 bp